不过，国内玉米与国际市场价差，虽有收窄，但依然较大。据东方艾格农业分析师马文峰统计，截至9月14日，进口玉米(含税费不含增值税)的周均价为1431元/吨，其中美国进口玉米价格为1358元/吨，与同期国内玉米均价(1838元/吨)，价差超过每吨300元。而国内巨量库存如何消化，仍是未解的难题。
就这次玉米托市收购改革而言，一个关系改革成败、但目前为止仍未完全落地的问题是，政府掏出多少钱补贴，以及以什么方式补？财政需要掏出的最终补贴资金规模，将与市场价格下跌幅度密切相关。中农办曾有意在春耕前明确补贴目标价格，但这一须经过多部门协商的方案，至今未公布细则。