今年9月初，方舟子在微博中称“要创造条件让国人都吃转基因”，此举让崔永元反感，并引发持续至今的“崔方大战”。
2013年9月8日
崔永元与方舟子在微博上拉开“转基因大战”序幕。
2013年9月19日
崔永元向央视递交请调报告，在节目现场给观众三鞠躬，去意已决。
2013年9月25日
崔永元赴日本调查，发现日本的市场很难买到转基因食品。
2013年10月21日
崔永元第一次赴美调查，发现很多美国人连转基因是什么都不清楚。
2013年12月7日
崔永元第二次赴美调查，采访50人左右，到美国的商场、农场、转基因实验室等地走访拍摄。
2013年12月17日
崔永元在认证微博上确认已正式离开央视，入职中国传媒大学任教。
著名主持人崔永元最近颇受关注
12月20日21时，从美国归来的崔永元在北京举行媒体说明会，就公众普遍关心的“离职央视”、“赴美调查转基因产品”、“与方舟子的微博斗争”等问题回答了在场多家媒体的提问。
20日9时左右，从机场赶到说明会现场的崔永元举起他的中国护照供媒体拍照，笑称终于能说明自己没有加入美国籍了。
随后，崔永元大方承认，与方舟子在微博上关于转基因的论战，是加速自身离开央视的原因。
他此次自费50万前往日本、美国等地调查转基因产品的安全问题，并准备将拍摄的素材和获得的资料制成纪录片发布。
崔永元还称，他已于12月7日正式入职中国传媒大学，已完成本学年的口述历史课程。而对于新工作，崔永元表示教书压力远比做主持人大。
离职央视：“明显违反了台里的规定，那干脆辞职了”
记者（以下简称“记”）：你就是因为方舟子才关注转基因的？
崔永元（以下简称“崔”）：就是因为方舟子。因为我是文科生，我对这玩意儿一开始搞不清楚。
记：那当时为什么在微博争论？
崔：我在网上看到新闻，方舟子搞了个转基因食品试吃，说创造条件让国人都吃上转基因。我一听这话就反感，就烦人说非得干什么。
记：单纯只是反感？
崔：就只是反感。我一开始表述挺温和，我说公众可以吃，可以不吃。但方舟子的反弹非常厉害，我就有警觉了。于是我上网查资料，发现这个问题已争论很长时间了，全是我看不懂的词。我知道这事儿挺大，就开始研究，找两方面的学者请教。一些院士说没有争议，就激起了我强烈的反感。明明有争议，什么叫没争议呢？你说美国人放心吃了（转基因食品）将近20年没事，那我们就去美国探访是不是这样。
记：网上对您离开央视有很多传言，您究竟为什么要离开央视？
崔：因为台里有规矩，大家都要签协议，不许发这样的微博，连介绍节目内容的微博都不能发，所以真的加速了我的离开。我用最快的速度跟台里反复交涉，三年前我就提出要走，但这次交涉最强烈，以前一谈就缩回来，人家那么真诚地挽留你，这次我明显违反了台里的规定，那干脆辞职了。我这次要跟方舟子弄，你用什么手段我就用什么手段，你说我造假，我就挖你造假；你骂人，我就骂人。崔永元变流氓，保护了这些（和方舟子辩论的）科学家。
记：这是你离职的主要原因？
崔：他要在微博上再说难听话，我也说。我晚节不保，我不要以前的好形象。那个公众形象没有用，我觉得公众的生命安全更重要。我不能因为以前是政协委员、全国著名主持人就端着，我才不端着呢，那不是我。如果都认为我形象很好，那你们看错了，我有“土匪”的一面。
记：你在微博中透露，说方舟子去央视告状？
崔：没用，中央电视台对我太了解了，我从1993年开始在这里打工，1996年主持节目，到今天离开，我一个仇人都没有，所有人对我都好，他告没用。
调查转基因：“拒绝了所有赞助，为了公平公正”
记：所以去实地调查转基因？
崔：（转基因）不是微博能说清楚的事，很复杂；所以我就决定拍个纪录片，给大家描述清楚。我们请美国的采访团队，12月7号走，20号回来，采访了各类人。
记：接触了哪些人？
崔：包括专家、普通的市民，还有一些民间组织，大约50人，去了洛杉矶、芝加哥、西雅图。我们找到了方舟子的老师，舒伯特教授，他说你们吃不到转基因大豆，因为都做饲料和工业原料了。我们告诉他，中国把转基因大豆做成了豆油。
记：去美国调查的费用来自哪里？
崔：全是自费，花了50万以上。我拒绝了所有企业的赞助，为了公平公正。
记：这次调查，你得出了什么结论？
崔：我认为，转基因食品的安全性，科学家是有争议的。在这个前提下，我们作为普通的老百姓，又不懂这个事情，最好不要让我吃；或者给我一个选择的权利，可以吃，可以不吃，不能剥夺我选择的权利。这是我参加转基因食品论战最终的观点。
记：在这件事上您打算做到什么地步？
崔：到这儿就告一段落了，把这个纪录片做出来，给公众看，我的任务就完成了。我现在就是螳臂当车，大势所趋，我们作为公民，该说的话要说，要不然对不起自己的良心，就是这么简单。
记：什么时间发布这个纪录片，在哪个平台？
崔：越快越好吧，现在素材太多了，大概有40个小时。什么时候播，选择什么平台我还没想。
微博论战：“有人愿意出高价让我闭嘴”
记：你跟方舟子微博论战很激烈？
崔：我跟方舟子的微博，大家也看了，斗得越来越不像样，过了底线了。
记：方舟子说你拍纪录片是为了推销有机食品，你怎么看？
崔：还说我拿了钱，把证据拿出来。我没拿钱。倒是有一个信息我可以透露，搞转基因的，有人愿意出高价让我闭嘴。
记：那你因此受到过威胁吗？
崔：微博上天天有，让我小心点。这没什么了不起。这个岁数的男人还怕这个。
记：您还会在微博上持续与方舟子的争论吗？
崔：肯定要接着骂。你不把他摁下去，学术界就永远充满了这种戾气。我愿意当这个炮灰，经过这一战让科学界都安静下来，大家好好在学术范围内探讨，不要人身攻击，不要编织谎言。我认为科学就是经得起质疑，就是在质疑、讨论、不断实践当中一步一步发展，没有一个科学斩钉截铁地告诉你永远不会有争议，那就不科学了。
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